Τα όργανα διοίκησης του Τμήματος είναι ο Πρόεδρος, το Διοικητικό Συμβούλιο και η Συνέλευση του Τμήματος. Ο Πρόεδρος του Τμήματος εκλέγεται από το σύνολο των μελών ΔΕΠ του Τμήματος, προεδρεύει στο Διοικητικό Συμβούλιο και στη Συνέλευση του Τμήματος, και συμμετέχει στο Συμβούλιο της Κοσμητείας της Σχολής Θετικών Επιστημών και στη Σύγκλητο.
Το Διοικητικό Συμβούλιο απαρτίζεται από τον Πρόεδρο και τον Αναπληρωτή Πρόεδρο, τους Διευθυντές των Τομέων και έναν εκπρόσωπο από τις κατηγορίες ΕΕΠ ή ΕΔΙΠ ή ΕΤΕΠ.
Η Συνέλευση του Τμήματος απαρτίζεται από τριάντα (30) μέλη ΔΕΠ που εκλέγονται από τους Τομείς με ετήσια θητεία, τον Πρόεδρο, τον Αναπληρωτή Πρόεδρο και τους εκλεγμένους Διευθυντές Τομέων, εκπροσώπους των προπτυχιακών και μεταπτυχιακών φοιτητών σε ποσοστό 15%, και τρείς (3) εκπροσώπους, έναν ανά κατηγορία από μέλη ΕΕΠ ,ΕΔΙΠ ,ΕΤΕΠ , οι οποίοι εκλέγονται με τους αναπληρωματικούς τους με ετήσια θητεία.
