Το ΠΜΣ οδηγεί στην απονομή Διπλώματος Μεταπτυχιακών Σπουδών (ΔΜΣ) στη «Φυσική Εφαρμογών» με ειδίκευση στη Φυσική Περιβάλλοντος, μετά την πλήρη και επιτυχή ολοκλήρωση των σπουδών με βάση το πρόγραμμα σπουδών.
Στο ΠΜΣ γίνονται δεκτοί κάτοχοι τίτλου του Α ́ κύκλου σπουδών Τμημάτων Φυσικής καθώς και συναφών Τμημάτων άλλων ΑΕΙ της ημεδαπής ή ομοταγών, αναγνωρισμένων από τον ΔΟΑΤΑΠ, ιδρυμάτων της αλλοδαπής. Επιπλέον του αριθμού εισακτέων γίνεται δεκτό ένα (1) μέλος των κατηγοριών ΕΕΠ, ΕΔΙΠ και ΕΤΕΠ κατ’ έτος, εφόσον το έργο που επιτελεί στο Ίδρυμα είναι συναφές με το γνωστικό αντικείμενο του ΠΜΣ.
Κατά το εαρινό εξάμηνο, με απόφαση της Συνέλευσης του Τμήματος Φυσικής, δημοσιεύεται και αναρτάται στην ιστοσελίδα του Τμήματος και του Ιδρύματος προκήρυξη για την εισαγωγή μεταπτυχιακών φοιτητών στο ΠΜΣ «Φυσική Εφαρμογών». Οι σχετικές αιτήσεις μαζί με τα απαραίτητα δικαιολογητικά κατατίθενται στη Γραμματεία του Τμήματος, σε προθεσμία που ορίζεται στην προκήρυξη. Κατ’ εξαίρεση και σε έκτακτες περιπτώσεις, η προκήρυξη μπορεί να γίνει το Σεπτέμβριο, με απόφαση της Συνέλευσης του Τμήματος Φυσικής.
Η χρονική διάρκεια φοίτησης στο ΠΜΣ ορίζεται σε τρία (3) ακαδημαϊκά εξάμηνα, στα οποία περιλαμβάνεται και ο χρόνος εκπόνησης διπλωματικής εργασίας. Με απόφαση της Συνέλευσης του Τμήματος, μετά από αίτημα του μεταπτυχιακού φοιτητή, οι σπουδές μπορούν να παραταθούν για ένα ακόμα εξάμηνο, μέχρι την εξεταστική περίοδο του εαρινού εξαμήνου του δεύτερου έτους.
Προβλέπεται η δυνατότητα μερικής φοίτησης για τους φοιτητές που εργάζονται αποδεδειγμένα κατ’ ελάχιστον είκοσι (20) ώρες εβδομαδιαίως, καθώς και για μη εργαζόμενους φοιτητές με αναπηρία και ειδικές εκπαιδευτικές ανάγκες, για φοιτητές που είναι παράλληλα αθλητές αλλά και για φοιτητές που αδυνατούν να ανταποκριθούν στις απαιτήσεις της πλήρους φοίτησης για λόγους υγείας, οικογενειακούς, στράτευσης κ.α. Η διάρκεια της μερικής φοίτησης δεν υπερβαίνει το διπλάσιο της διάρκειας της κανονικής φοίτησης.
Ο μεταπτυχιακός φοιτητής, με αίτησή του, μπορεί να ζητήσει για σοβαρούς προσωπικούς λόγους ή λόγους υγείας αναστολή φοίτησης, η οποία δεν μπορεί να υπερβαίνει τα δύο (2) συνεχόμενα εξάμηνα. Τα εξάμηνα αναστολής της φοιτητικής ιδιότητας δεν προσμετρώνται στην προβλεπόμενη ανώτατη διάρκεια κανονικής φοίτησης.
Για κάθε φοιτητή του ΠΜΣ ορίζεται ένας Σύμβουλος Καθηγητής, ο οποίος παρακολουθεί την πρόοδο του φοιτητή και τον συμβουλεύει για θέματα που αφορούν στη φοίτησή του στο ΠΜΣ.
Το εκπαιδευτικό έργο κάθε ακαδημαϊκού έτους διαρθρώνεται σε δύο εξάμηνα σπουδών, το χειμερινό και το εαρινό, που το καθένα περιλαμβάνει δεκατρείς (13) εβδομάδες διδασκαλίας και τρεις (3) εβδομάδες εξετάσεων. Η παρακολούθηση είναι υποχρεωτική και οι απουσίες δεν πρέπει να υπερβαίνουν τις τέσσερις (4) ανά μάθημα για να έχει ο φοιτητής δικαίωμα συμμετοχής στις εξετάσεις. Οι εξετάσεις πραγματοποιούνται στο τέλος κάθε εξαμήνου, δηλαδή το Φεβρουάριο και τον Ιούνιο (1η εξεταστική) κάθε ακαδημαϊκού έτους για τα μαθήματα των αντιστοίχων εξαμήνων, ενώ η εξέταση των μαθημάτων και των δύο εξαμήνων επαναλαμβάνεται το Σεπτέμβριο του ιδίου έτους (2η εξεταστική). Η βαθμολόγηση γίνεται στην κλίμακα 1-10. Επιτυχής θεωρείται η εξέταση ενός μαθήματος εφόσον ο βαθμός του είναι τουλάχιστον έξι (6).
Ο φοιτητής έχει το δικαίωμα να εξετασθεί σε κάθε μάθημα το πολύ δύο (2) φορές, εκ των οποίων η μία φορά είναι στο εξάμηνο διδασκαλίας του μαθήματος. Σε περίπτωση μη προσέλευσης την πρώτη φορά ο φοιτητής μηδενίζεται στο αντίστοιχο μάθημα και έχει το δικαίωμα να εξεταστεί σε αυτό μία μόνο φορά ακόμη, το Σεπτέμβριο του ιδίου έτους.
Στο τρίτο εξάμηνο του ΠΜΣ προβλέπεται η εκπόνηση διπλωματικής εργασίας. Ο φοιτητής μπορεί να ξεκινήσει τη διπλωματική του εργασία μετά την ολοκλήρωση όλων των μαθημάτων, τον Ιούνιο του 1ου (2ου στην περίπτωση μερικής φοίτησης) ακαδημαϊκού έτους ή τον επόμενο Σεπτέμβριο. Για την επίβλεψη και εξέταση της διπλωματικής εργασίας, ορίζεται τριμελής εξεταστική επιτροπή, ένα από τα μέλη της οποίας είναι ο Επιβλέπων. Για να εγκριθεί η εργασία, ο φοιτητής οφείλει να την υποστηρίξει ενώπιον της εξεταστικής επιτροπής σε δημόσια παρουσίαση, μετά το πέρας της εξεταστικής περιόδου Φεβρουαρίου ή Ιουνίου. Η διπλωματική εργασία, διορθωμένη σύμφωνα με τις υποδείξεις της εξεταστικής επιτροπής, κατατίθεται στη Γραμματεία του Τμήματος σε ψηφιακή μορφή και αναρτάται υποχρεωτικά στο Ψηφιακό Αποθετήριο ΠΕΡΓΑΜΟΣ. Ο φοιτητής, μετά τη λήψη του ΔΜΣ, δεσμεύεται για την περαιτέρω χρήση των δεδομένων και αποτελεσμάτων της διπλωματικής εργασίας μόνο με την έγγραφη συγκατάθεση του Επιβλέποντα.
Ο βαθμός του τίτλου σπουδών στο ΔΜΣ υπολογίζεται ως ο σταθμικός μέσος όρος των βαθμών στα μαθήματα και στη διπλωματική εργασία, με συντελεστές βαρύτητας τα αντίστοιχα ECTS, με ακρίβεια δεύτερου δεκαδικού ψηφίου. Η βαθμολογική κλίμακα ορίζεται από μηδέν (0) έως δέκα (10), ως εξής: Άριστα (8,5 έως 10), Λίαν Καλώς (6,5 έως 8,49), Καλώς (6 έως 6,49). Στο ΔΜΣ επισυνάπτεται Παράρτημα Διπλώματος στην ελληνική και αγγλική γλώσσα.