Τα όργανα διοίκησης του Τμήματος είναι ο Πρόεδρος, το Διοικητικό Συμβούλιο και η Συνέλευση του Τμήματος. Ο Πρόεδρος του Τμήματος εκλέγεται από το σύνολο των μελών ΔΕΠ του Τμήματος, προεδρεύει στο Διοικητικό Συμβούλιο και στη Συνέλευση του Τμήματος, και συμμετέχει στο Συμβούλιο της Κοσμητείας της Σχολής Θετικών Επιστημών και στη Σύγκλητο.
Το Διοικητικό Συμβούλιο απαρτίζεται από τον Πρόεδρο και τον Αντιπρόεδρο, τους Διευθυντές των Τομέων και έναν εκπρόσωπο από τις κατηγορίες ΕΕΠ ή ΕΔΙΠ ή ΕΤΕΠ.
Η Συνέλευση του Τμήματος απαρτίζεται από μέλη ΔΕΠ που εκλέγονται από τους Τομείς με ετήσια θητεία (ο αριθμός τους διαμορφώνεται στο 30% των υπηρετούντων μελών ΔΕΠ ανά Τομέα), τον Πρόεδρο, τον Αντιπρόεδρο και τους εκλεγμένους Διευθυντές Τομέων, εκπροσώπους των προπτυχιακών και μεταπτυχιακών φοιτητών σε ποσοστό 15% επί των προηγουμένων (με ελάχιστη εκπροσώπηση ενός (1) φοιτητή ανά κύκλο σπουδών, εφόσον το Τμήμα οργανώνει προγράμματα σπουδών και για τους τρεις κύκλους), και τρείς (3) εκπροσώπους, έναν ανά κατηγορία από μέλη ΕΕΠ, ΕΔΙΠ, ΕΤΕΠ, εφόσον υπάρχουν, που εκλέγονται με ετήσια θητεία.
