Το ΠΜΣ ξεκινά το χειμερινό εξάμηνο κάθε ακαδημαϊκού έτους και για την απόκτηση του ΔMΣ απαιτούνται συνολικά ενενήντα (90) πιστωτικές μονάδες (ECTS). Κατά τη διάρκεια των σπουδών, οι φοιτητές υποχρεούνται σε παρακολούθηση και επιτυχή εξέταση έντεκα (11) μεταπτυχιακών μαθημάτων (επτά υποχρεωτικών και τεσσάρων επιλογής) και σε εκπόνηση μεταπτυχιακής διπλωματικής εργασίας, σύμφωνα με το ακόλουθο πρόγραμμα.
| Κωδικός | Ώρες/εβδ | ECTS | ΜΑΘΗΜΑ |
| 19401 | 4 | 6 | Φυσική Ατμόσφαιρας |
| 19402 | 4 | 6 | Δυναμική των Γεωφυσικών Ρευστών |
| 19403 | 3+1 Εργ. | 6 | Μέθοδοι Ανάλυσης Δεδομένων |
| 19404 | 2+2 Εργ. | 6 | Αριθμητικές Μέθοδοι – Εφαρμογές στα Γεωφυσικά Ρευστά |
| 19405 | 4 | 6 | Ατμοσφαιρική Φυσική και Χημεία |
| Κωδικός | Ώρες/εβδ | ECTS | ΜΑΘΗΜΑ |
| 19406 | 3 | 5 | Δυναμική Ατμόσφαιρας |
| 19407 | 3 | 5 | Μέθοδοι και Όργανα Περιβαλλοντικών Μετρήσεων |
| Κωδικός | Ώρες/εβδ | ECTS | ΜΑΘΗΜΑ |
| 19408 | 3 | 5 | Ατμοσφαιρικό Οριακό Στρώμα |
| 19409 | 2+2 ΕΡΓ. | 5 | Συνοπτική Μετεωρολογία |
| 19410 | 3+1 ΕΡΓ. | 5 | Φυσική Δομημένου Περιβάλλοντος |
| 19411 | 3 | 5 | Κλίμα – Κλιματικές Διακυμάνσεις |
| 19412 | 3 | 5 | Φυσική Ωκεανογραφία |
| 19413 | 3 | 5 | Αρχές και Εφαρμογές Τηλεπισκόπησης |
| 19414 | 3 | 5 | Φυσική Μέσης και Ανώτερης Ατμόσφαιρας |
| 19415 | 3 | 5 | Μοντέλα Ατμοσφαιρικής Κυκλοφορίας |
| 19416 | 3 | 5 | Φυσική Νεφών και Φαινόμενα Μέσης Κλίμακας |
| 19418 | 4 | 5 | Ανανεώσιμες Πηγές Ενέργειας |
| 19901 | 3 | 5 | Ειδικό Θέμα |
| Κωδικός | Ώρες/εβδ | ECTS | ΜΑΘΗΜΑ |
| 19499 | 30 | Διπλωματική Εργασία |
